Realtime PCR 用cDNA的合成
SuperPrep®II Cell Lysis & RT Kit for qPCR[Code No. SCQ-401]是通過熒光定量PCR進行基因表達分析用的、由細胞裂解試劑(Lysis Reagents)和逆轉錄反應試劑(RT Reagents)組成的試劑盒。使用本產品,可以從用96孔板等培養的細胞開始,簡便地制備含有能用作逆轉錄模板的RNA的細胞裂解物。而且,本試劑盒中含有的逆轉錄反應試劑,針對于從該細胞裂解物開始的逆轉錄反應進行了優化。
以前的SCQ-101,在Lysis Solution處理后,必需要添加Stop Solution。SuperPrep®II 中,Lysis Solution處理后,可直接進行cDNA合成步驟。另外,可以使用更多種哺乳類細胞進行高靈敏度地檢測。使用本試劑盒,可以簡便、迅速地從培養細胞開始合成熒光定量PCR用的模板cDNA。
SuperPrep®ⅡCell Lysis Kit for qPCR [Code No. SCQ-501]是單獨銷售的細胞裂解試劑(Lysis Reagents)??梢允褂帽竟镜腞NA-direct™ Realtime PCR Master Mix (Code No. QRT-101, QRT-201) ,THUNDERBIRD®Probe One-step qRT-PCR Kit (Code No. QRZ-101)等1-step法RealtimePCR試劑進行分析(簡易測定)。
●無需純化RNA
可簡便地從培養細胞開始制備能用作逆轉錄反應模板的含有RNA的細胞裂解液。以Lysis Solution 處理的裂解液為模板,可直接進行逆轉錄反應,所以可大幅度縮短分析時間。
●從裂解液合成高品質的cDNA
通過優化的buffer組成,有效地抑制了因RNase等的細胞成分引起的RNA的降解(制備的裂解物中的RNA可在冰上穩定保持6小時)。另外,因為用gDNA Remover (DNase I)處理后再進行cDNA的合成,所以可以合成基因組DNA污染少的高質量的cDNA。逆轉錄試劑是用本公司的高效率逆轉錄酶「ReverTra Ace®」進一步優化后的Master Mix,可簡便、高效率地合成cDNA。合成的cDNA可長期保存。
※Master Mix中Random 引物和Oligo dT引物按最適比例進行了混合。
●可用于多種類型的哺乳類細胞
SuperPrep®II 在提高了細胞裂解性能的同時,也降低了RNase的影響。與以前的SCQ-101相比,可使用更多種類的細胞進行分析。已確認下表中的代表性細胞可適用于本品。
細胞名稱 貼壁/懸浮 種類 細胞 來源
1 | HPA | 貼壁 | H.sapiens | preadipocytes (primary cell) | 前體脂肪細胞 |
2 | HEK | 貼壁 | H.sapiens | epidermal keratinocytes (primary cell) | 表皮角質細胞 |
3 | HA | 貼壁 | H.sapiens | astrocytes (primary cell) | 星形膠質細胞 |
4 | HDF | 貼壁 | H.sapiens | dermal fibroblasts (primary cell) | 皮膚纖維芽細胞 |
5 | HFLS | 貼壁 | H.sapiens | fibroblast-like synoviocytes (primary cell) | 成纖維樣滑膜細胞 |
6 | HBEpC | 貼壁 | H.sapiens | bronchial epithelial cells (primary cell) | 支氣管上皮細胞 |
7 | HUVEC | 貼壁 | H.sapiens | umbilical vein endothelial cells (primary cell) | 臍靜脈內皮細胞 |
8 | HPAEC | 貼壁 | H.sapiens | pulmonary artery endothelial cells (primary cell) | 臍動脈內皮細胞 |
9 | HC | 貼壁 | H.sapiens | chondrocytes (primary cell) | 軟骨細胞 |
10 | HOb | 貼壁 | H.sapiens | osteoblasts(primary cell) | 成骨細胞 |
11 | HSkMC | 貼壁 | H.sapiens | skeletal muscle cells(primary cell) | 骨骼肌細胞 |
12 | HAOSMC | 貼壁 | H.sapiens | aortic smooth muscle cells (primary cell) | 主動脈平滑肌細胞 |
13 | HFDPC | 貼壁 | H.sapiens | hair follicle dermal papilla Cells (primary cell) | 人毛乳頭細胞 |
14 | HMSC | 貼壁 | H.sapiens | marrow stromal cell (primary cell) | 骨髓間質細胞 |
15 | A431 | 貼壁 | H.sapiens | epidermoid carcinoma cell line | 表皮癌細胞系 |
16 | HeLa S3 | 貼壁 | H.sapiens | cervix carcinoma cell line | 宮頸癌細胞系 |
17 | HepG2 | 貼壁 | H.sapiens | hepatocellular carcinoma cell line | 肝癌細胞系 |
18 | C2C12 | 貼壁 | M. musculus | myoblast cell line | 成肌細胞 |
19 | NIH-3T3 | 貼壁 | M. musculus | embryo fibroblast cell line | 胚胎纖維母細胞 |
20 | MDCK | 貼壁 | C.familiaris | kidney cell line | 腎臟細胞 |
21 | CHO-K1 | 貼壁 | C. griseus | ovary cell line | 卵巢細胞系 |
22 | Jurkat | 懸浮 | H.sapiens | T lymphocyte cell line | T淋巴細胞系 |
23 | K562 | 懸浮 | H.sapiens | myelogenous leukemia cell line | 粒細胞白血病細胞系 |
24 | THP-1 | 懸浮 | H.sapiens | acute monocytic leukemia cell line | 急性單核細胞白血病細胞系 |
25 | U937 | 懸浮 | H.sapiens | leukemic monocyte lymphoma cell line | 單核細胞白血病淋巴瘤細胞系 |
26 | HMNC | 懸浮 | H.sapiens | mononuclar cells (primary cell) | 單核細胞 |
●降低了高通量分析時的誤差
按照本操作步驟,移液分管及稀釋操作步驟減少,降低了高通量分析時的誤差。另外,細胞裂解時無需用移液槍頭上下吹打混勻,而且同時可進行gDNA Remover處理,提高了操作性。無需添加反應終止液及引起RNA不穩定的加熱操作。
●可以與各種熒光定量PCR試劑組合使用
可以與各種各樣的熒光定量PCR試劑(SYBR®Green I, TaqMan®assay兩種都可以)組合使用。
另外,與本公司的THUNDERBIRD®Probe qPCR Mix(Code No. QPS-101 、KOD SYBR®qPCR Mix (Code No. QKD-201)等組合使用,已確認可以從培養細胞開始簡便且高度準確的進行基因表達分析。而且,與本公司的RNA-direct™Realtime PCR Master Mix (Code: QRT-101, QRT-201)等的1-step熒光定量PCR試劑組合使用,可進行簡易的分析。
1. 純化RNA與細胞裂解液的Ct值相關性的檢驗
使用SuperPrep®II Cell Lysis & RT Kit for qPCR (Code No. SCQ-401),從2.5x104個H UVEC (人臍帶靜脈內皮細胞)細胞開始合成cDNA(40μl 反應體系)。另外,從HUVEC 細胞抽提的Total RNA66.6ng 開始,使用ReverTra Ace® qPCR RT Master Mix (Code No. FSQ-201) 進行cDNA的合成(40μl 反應體系)。分別以各自的cDNA 為模板,使用THUNDERBIRD®SYBR®qPCR Mix (Code No. QPS-201)對15種House Keeping Gene進行熒光定量PCR。
結果顯示,這次分析的15種基因,純化RNA與使用細胞裂解物分析得到的結果具有良好的相關性。
2.細胞裂解液在冰上穩定性的確認
使用SuperPrep®II Cell Lysis & RT Kit for qPCR (Code No. SCQ-401),將4x104個HeLa S3 細胞制備成細胞裂解液,轉移到冰上,0 ~ 6小時后,取樣細胞裂解液,立即進行cDNA 的合成。同樣方法,本公司原來的產品(SuperPrep®) 及A公司的試劑制備細胞裂解液,同樣時間點取樣,進行cDNA合成。以該cDNA為模板,使用THUNDERBIRD®Probe qPCR Mix (Code No. QPS-101)進行熒光定量PCR對GAPDH基因的表達進行分析。
結果顯示,可以確認HeLa S3 細胞在冰上放置6 小時,Ct值也不會有顯著延遲。
3.懸浮細胞的96孔板分析及基因表達分析的實驗例
【SCQ-401】
(Lysis Reagents)
Lysis Solution 6.5ml×1支
gDNA Remover 33μl×1支
RNase Inhibitor 110μl×1支
(RT Reagents)
5×RT Master Mix 860μl×1支
5×RT Mastre Mix no-RT control
86μl×1支
Nuclease free Water 1,700μl×2支
【SCQ-501】
Lysis Solution 6.5ml×1支
gDNA Remover 33μl×1支
RNase Inhibitor 110μl×1支
基本反應條件
<Lysate的制備>
按以下比例(1個反應)向Lysis Solution中添加
RNase Inhibitor 和 gDNA Remover
Lysis Solution 58.7μl
RNase Inhibotor 1μl
gDNA Remover 0.3μl
↓
向含有細胞的各孔中添加Lysis Solution
(含有RNase Inhibitor 及 gDNA Remover)
60μl
↓
振蕩30sec.后,室溫溫育4min.30sec.
↓
冰上
<逆轉錄(RT)反應>
按以以比例(1個反應)在冰上制備RT Master Mix
5x RT Master Mix 8μl
Nuclease-free Water 24μl
↓
每孔32μl分裝
↓
添加裂解液8μl
↓
37℃,15min.
50℃, 5min.
98℃, 5min.