Realtime PCR
KOD SYBR® qPCR Mix是使用KOD DNA polymerase(KOD)的SYBR® GreenⅠ檢測體系進行熒光定量PCR的Master mix。由于KOD SYBR qPCR Mix是去除了3’→5’核酸外切酶活性(校正活性)的KOD exo(−)DNA polymerase和最適化buffer的組合、最大程度發揮了KOD的『高效合成能力』以及『不易受到粗樣品的抑制』的特性,可穩定地用于各種用途的熒光定量PCR。
引物的Tm值以及擴增產物的Tm值計算
對GC含量高的目的片段很有效
對于GC含量70%以上,用以往產品難以擴增的目的片段,也可定量擴增。
圖2. GC含量不均一的啟動子區域的Realtime PCR(使用ABI StepOnePlusTM)
已確認本試劑對易于形成二級結構的目的片段也能有效擴增。
可擴增長鏈目的片段(?2kb)
KOD FX以及KOD-Plus-系列等通常用于PCR的引物可直接使用。由于長鏈目的片段也可擴增,擴大了引物的選擇范圍。
2kb以內的各種長度目的片段均可選擇,因此可在大范圍內進行融解曲線分析??梢赃x擇引物二聚體的產生范圍以外的擴增區域(短鏈區域),對于用end point法進行的多重分析、multiplex PCR有很好的效果。
適用于粗樣品的分析
用植物裂解液、鼠尾堿裂解液等粗樣品可直接檢測。運用SYBR®Green Ⅰ檢測法,能簡化繁瑣復雜的多型分析及SNP分析。
①擴增長度不同的基因分型檢測
通過改變兩種擴增產物的擴增長度,只需引物的Tm值設計成不同,即可在單管中進行mouse tail的基因分型。(參照上一個特征)。
圖6.從血液及口腔粘膜的檢測(用ABI 7500 Fast)
(A) 表示ALDH2 SNP檢測用引物。為了能在一管中進行基因型的分辨,引物設計時,在一條等位基因特異的引物上加了GC tail (下劃線部分),使擴增產物的融解溫度(Tm值)產生差異。GC tail的添加使得融解溫度大幅度上升,使用擴增長度在100bp以下。另外,該實驗例中,將等位基因特異的引物3’端開始第2位堿基設為SNP位點(紅色)、第3位堿基設計了錯配(綠色)位點。
(B) 向20μl反應體系中添加5μl血液的稀釋液或口腔粘膜的懸濁液,進行檢測。結果顯示,可以判定基因型。
③使用粗樣品進行檢測
對于用以往使用Taq DNA polymerase的PCR試劑難以擴增的粗樣品也可以進行檢測分析。
高特異性
通過抑制引物二聚體等非特異性反應,在低拷貝區域也可進行廣泛的定量檢測。同時通過使用本公司熒光定量PCR用cDNA合成試劑盒「ReverTra Ace® qPCR RT系列」,可以進行穩定的檢測。
適用于各種儀器
除了模塊型儀器(也適用于Fast Mode),也適用于使用毛細管的高速循環儀。另外,由于另附了50×ROX reference dye,對需要passive reference的儀器也可以使用,適用于各種儀器的ROX濃度。
【可以使用的儀器例】
儀器 | ROX最終濃度(添加量) |
Applied Biosystems 7000、7300、7700、7900HT、StepOne™、 StepOnePlus™ | 1×(1/50量) |
Applied Biosystems 7500、7500Fast、 Agilent Technologies Mx3000P、Mx3005P、Mx4000 | 0.1×(1/500量) |
Roche公司儀器(LightCycler® 2.0、LightCycler® Nano)、Bio-Rad公司儀器(MiniOpticon™、CFX96 Touch™等)、BioFlux Line Gene等 | 不需要 |